有史以来最严重的鼠疫流行

13世纪到14世纪中叶，蒙古帝国扩展到中东和东欧，进入了鼎盛时期。丝绸之路的大部分被蒙古帝国控制，跨欧亚大陆的贸易蓬勃发展。

根据最近的研究，当时，鼠疫杆菌已经广泛传播在吉尔吉斯西北部的伊塞克湖（现为吉尔吉斯共和国）周边，即作为丝绸之路要塞的天山山脉地区。啮齿动物旱獭（俗称土拨鼠）被认为是天然宿主。该地区居住着许多基督教聂斯脱里派（景教）的信徒。他们的墓碑说明了当时鼠疫长期肆虐的事实。

在中国，大流行在元代1331年开始，1334年估计有500万人死亡，相当于河北省人口的90%。途经伊塞克湖的商人车队和军队，把鼠疫杆菌传播到中东，如巴勒斯坦和叙利亚，后进一步扩散至北非，如突尼斯，甚至似乎蔓延到了欧洲。据说，波斯（现在的伊朗）和埃及丧失了大约30%的人口。

1347年，鼠疫杆菌经过克里米亚半岛登陆西西里岛，次年扩展到地中海沿岸，包括罗马和佛罗伦萨。进而蔓延到除波兰及德意志东部以外的几乎整个欧洲地区，从西边的英国，到东边的俄罗斯西部，包括巴黎、波尔多和伦敦（图9）。